Didirikan pada tahun 1966 sampai dengan 1979 nama PKU Muhammadiyah Sekapuk sudah terkenal di wilayah kecamatan Ujung Panngkah, Sidayu, Dukun, Panceng dan Paciran sebagai salah satu balai pengobatan Islam, tetapi masyarakat lebih akrab memanggil dengan sebutan PKU Sekapuk.

Sejak tahun 1980an Balai Kesehatan PKU Sekapuk mengalami kevakuman karena keterbatasan SDM Manajemen, baru pada tanggal 22 Desember 1997 mulai dibangkitkan lagi oleh Pimpinan Ranting Muhammadiyah Sekapuk dengan SK persetujuan tempat praktik oleh Kepala Kantor Departemen Kesehatan Kabupaten Gresik No.158/SIP.G/U/XII/1977 dengan jam praktik 24 jam mulai hari Senin sampai dengan Minggu.