Pada tahun 1966 sampai dengan 1979 nama PKU Muhammadiyah Sekapuk sudah terkenal diwilayah kecamatan Ujungpangkah, Sidayu, Dukun, Panceng dan Paciran sebagai salah satu Balai Pengobatan Islam, tetapi masyarakat lebih akrab memanggil dengan sebutan PKU Sekapuk.
Sejak tahun 1980an Balai Kesehatan PKU Sekapuk mengalami kevakuman karena keterbatasan SDM dan Manajement, baru pada tanggal 22 Desember 1997 mulai dibangkitkan lagi oleh Pimpinan Ranting Muhammadiyah Sekapuk dengan SK persetujuan tempat praktek oleh Kepala Kantor Departemen Kesehatan Kabupaten Gresik No. 153/SIP.G/U/XII/1997 dengan jam praktek 24 jam hari Senin sampai dengan Minggu.
Pada tanggal 12 April 1999 keluarlah SK No. HK 00.06.6.2.059 dari Kepala Kantor Wilayah Departemen Kesehatan Propinsi Jawa Timur Tentang pemberian izin tetap kepada PCM Ujungpangkah untuk menyelenggarakan Balai Pengobatan Islam PKU Muhammadiyah Sekapuk.
Balai Pengobatan dengan rawat inap ijin yang diberikan oleh Dinas Kesehatan Kabupaten Gresik No.445/497/HK/403.14/2005 yang berlaku dari tanggal 5 Agustus 2005 sampai dengan 1 September 2010. Kemudian Poliklinik dari tanggal 1 September 2010 sampai dengan 21 Desember 2011 dengan SK No.446/253/437.52/2010. Sedang ijin pendirian RS yang dikeluarkan oleh Bupati Gresik yang bernomor: 445/135/HK/437.12/2011 tertanggal 21 Desember 2011
Izin Operasional sementara RS PKU Muhammadiyah Sekapuk dikeluarkan oleh Bupati Gresik dengan No: 444/49/HK/437.12/2013 tertanggal 24 Juli 2013 dan ijin operasional sementara ini berlaku selama satu tahun.
Sertifikat penetapan kelas Rumah Sakit juga sudah diterima oleh RS PKU Muhammadiyah sekapuk yaitu RS tipe D dengan SK nomer : HK.02,03/1/0960/2014 ditetapkan di Jakarta tertanggal 14 mei 2014.
Sertifikat Penetapan Kelas Rumah Sakit diterima oleh RS PKU Muhammadiyah Sekapuk sebagai RS tipe D dengan SK Nomor : HK.02.03 /I/0960/2014 ditetapkan di Jakarta tertanggal 14 Mei 2014.
Ijin Operasional Tetap RS PKU Muhammadiyah Sekapuk dikeluarkan oleh Bupati Gresik dengan Nomor : 445/8/HK/437.12/2015 tertanggal 02 Februari 2015 berlaku selama 5 (lima) tahun. Lalu ijin operasional tetap diperpanjang dengan Nomor : 503.2.9/06/437.74/2019 berlaku sejak tanggal 12 Februari 2020 hingga 12 Februari 2025.
Adapun kode Rumah Sakit PKU Muhammadiyah Sekapuk adalah 3525095 dan telah teregistrasi secara online pada tanggal 3 Maret 2015.
Menjadi rumah sakit pilihan keluarga dengan layanan profesional dan islami pada tahun 2024
Misi RS PKU Muhammadiyah Sekapuk adalah:
1. Menyediakan fasilitas rumah sakit yang lengkap, aman dan terjangkau
2. Memberikan pelayanan kesehatan yang berkualitas, terintegrasi dan berdaya saing
3. Menyelenggarakan fungsi sosial dan dakwah Muhammadiyah
4. Mengembangkan Sumber Daya Insani Rumah Sakit yang professional dan berjiwa Islami